Fondelibertad fue creado en el año de 1995 con el Decreto No 1723, producto de la declaración de un estado de conmoción interior, como un fondo cuenta adscrito inicialmente a la Presidencia de la República, el cual debía financiar al Programa Presidencial para la Defensa de la Libertad Personal y demás entidades estatales que dirigieran políticas estatales contra el secuestro. La Ley 282 de 1996 le dio creación legal, definiéndolo como una cuenta especial del Departamento Administrativo de la Presidencia de la República, sin personería jurídica, administrado como un sistema separado de cuentas por un gerente.

Con la expedición del Decreto No 1182 de 1999, Fondelibertad y el Programa Presidencial para la Defensa de la Libertad Personal fueron suprimidos, pasando sus funciones al Ministerio del Interior y de Justicia. Luego, al expedirse el Decreto No 1512 de 2000, fue creado de nuevo Fondelibertad, ahora adscrito al Ministerio de Defensa Nacional, quien asumió las funciones que venía desempeñando el otrora Programa Presidencial para la Defensa de la Libertad Personal, convirtiéndose en la dependencia líder de la lucha contra el secuestro en Colombia.

Actualmente, con la expedición del Decreto 3123 de 2007, Fondelibertad es una dirección que depende en forma directa del despacho del Ministro de Defensa Nacional, correspondiéndole las funciones de Secretaría Técnica del Conase.

Normatividad:

• Sentencia 394 de 2007 de la Corte Constitucional según la cual se extienden los beneficios otorgados por la Ley 986 de 2005 a las víctimas de la toma de rehenes y desaparición forzada.
• Ley 986 de 2005 “Por medio de la cual se adoptan medidas de protección a las víctimas del secuestro y sus familias y se dictan otras disposiciones”
• Decreto 1512 de 2000 “por el cual se modifica la estructura del Ministerio de Defensa Nacional y se dictan otras disposiciones”
• Decreto 3123 de 2000
• Ley 599 de 2000, Código Penal, en lo relativo a los delitos de secuestro, extorsión, toma de rehenes y desaparición forzada.
• Ley 333 de 1996 “Por la cual se establecen las normas de extinción de dominio sobre los bienes adquiridos en forma ilícita”
• Decreto 2100 de 1996 “Por el cual se reglamenta la administración provisional de los bienes incautados con ocasión de los delitos de secuestro y demás atentatorios contra la libertad personal”
• Ley 282 de 1996 “Por la cual se dictan medidas tendientes a erradicar algunos delitos contra la libertad personal, especialmente el secuestro y la extorsión, y se expiden otras disposiciones”
• Ley 282 de 1996 “Por la cual se dictan medidas tendientes a erradicar algunos delitos contra la libertad personal, especialmente el secuestro y la extorsión, y se expiden otras disposiciones”
  
• Ley 40 de 1993 “Estatuto contra el secuestro”